Der Kleine Fruchtwickler ist nur im Süden von wirtschaftlicher Bedeutung. Dort kann er aber erhebliche Fruchtschäden verursachen. Die Larve bohrt sich ähnlich dem Apfelwickler (Cydia pomonella) in die Frucht ein. Der Gang ist allerdings frei von Kot und die Einbohrstelle weist eine charakteristische Spirale auf. In einem BÖLN-Projekt (Nr. 03OE524/3) wurde von 2004 bis 2006 an der Regulierung des Kleinen Fruchtwicklers gearbeitet. In mehrjährigen Ringversuchen konnte gezeigt werden, dass die Verwirrungsmethode anders als beim Apfelwickler auch langfristig ohne Zusatzbehandlungen erfolgreich ist. In der Folge wurde von der entsprechenden Firma in Deutschland eine Zulassung für dieses Verfahren beantragt. Am Bodensee wird in der Regel auf etwa der Hälfte der Fläche die Verwirrungsmethode gegen Kleinen Fruchtwickler eingesetzt, in der Region Neckar-Baden ist der Einsatz rückläufig. Neu aufgetreten ist der Kleine Fruchtwickler auch im Westen in 2019 und 2020. Für die Betriebe ist es sehr umständlich, zweierlei Dispenser (Apfelwickler und kleiner Fruchtwickler) auszubringen, so dass öfter auf den Einsatz der Dispenser für den Fruchtwickler verzichtet wird auch wenn dann Schäden auftreten. Im Jahr 2020 ging der Einsatz vor allem Bodensee stark zurück, da vermehrt Isomate CLR MAX TT gegen Schalenwickler eingesetzt wurde und dann eher auf einen zusätzlichen Dispenser verzichtet wurde. Eine Zulassung eines Kombipräparates Apfelwickler/Kleiner Fruchtwickler wäre daher sehr wünschenswert.
