Befallsstellen durch Obstbaumkrebs an Stamm und dickeren Ästen werden bis ins gesunde Holz ausgeschnitten bzw. ausgesägt. Das Schnittgut muss immer aus der Anlage entfernt werden, da sich der Pilzrasen auch auf Totholz weiterentwickeln kann. Infiziertes Holz, das auf nassem oder feuchtem Grund liegt, kann sogar mehr sporulieren als eine Wunde am Baum.
Diese Maßnahme wird vor allem in den niederschlagsreicheren Gegenden praktiziert wo auf Befall mit Obstbaumkrebs geachtet werden muss. Daher ist die Niederelbe auch die Region, in der diese Maßnahme am häufigsten praktiziert wird. Aber auch am Bodensee und in der Region Ost wird dieses Verfahren häufiger angewendet. In der Region West ist der Trend zum Ausschneiden von Krebsstellen rückläufig.
